Заметил такую вещь. Когда устанавливаешь программы через диспетчер приложений,  с некоторыми из них  устанавливаються различные библиотеки. После удаления программы эти теперь уже не используемые  библиотеки, остаются в памяти. Очень трудно запоминать с какой программой какие ставились библиотеки, что бы их удалять в дальнейшем.

Вопрос: Есть ли какой-нибудь способ для того что-бы при удалении программы вместе с ней удалялись все библиотеки, которые она за собой притащила при установке?

Если библиотеки не используются - их должен убить apt-get autoremove, но это - в идеале, и если нет перекрестных зависимостей.

к сожалению не работает:

apt-get autoremove
E: Invalid operation autoremove

операцию  проделал с правами рута..